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　　1、瓊脂糖和聚丙烯酰胺凝膠電泳

　　瓊脂糖(Agarose)是一種線性多糖聚合物，是從紅色海藻產(chǎn)物瓊脂中提取而來(lái)的。當(dāng)瓊脂糖溶液加熱到沸點(diǎn)后冷卻凝固便會(huì)形成良好的電泳介質(zhì)，其密度是由瓊脂糖的濃度決定的。經(jīng)過(guò)化學(xué)修飾的低熔點(diǎn)(LMP)的瓊脂糖，在結(jié)構(gòu)上比較脆弱，因此在較低的溫度下便會(huì)熔化，可用于DNA段的制備電泳。

　　聚丙烯酰胺凝膠主要有兩種方式:一是用于分離和純化雙鏈DNA段的非變性聚丙烯酰胺凝膠。在未變凝膠中分離DNA的缺點(diǎn)是DNA的遷移率受堿基組成和序列的影響。由于無(wú)法得知未知DNA的遷移是否反常，故不能用未變性的聚丙烯酰胺凝膠電泳確定雙鏈DNA的大小。二是用于分離及純化單鏈DNA段的變性聚丙烯酰胺凝膠。這類聚丙烯酰胺凝膠是在核苷酸堿基配對(duì)抑制劑(尿素或甲酰胺)的存在下聚合而成，變性DNA的移動(dòng)速度同其堿基組成及序列幾乎*無(wú)關(guān)，故可用于分離及純化單鏈DNA段和DNA測(cè)序等。

　　2、脈沖電場(chǎng)凝膠電泳

　　普通的凝膠電泳技術(shù)顯然是無(wú)法分離如此超大分子量的DNA分子的。

　　1984年，D.C.Schwartz和C.R.Cantor發(fā)明的脈沖電場(chǎng)凝膠電泳(Pulsed-FieldGelElectrophoresis，PFGE)技術(shù)，可以成功地用來(lái)分離整條染色體這樣的超大分子量的DNA分子。在常規(guī)的瓊脂糖凝膠電泳中，超過(guò)一定大小范圍的所有的雙鏈DNA分子，都是按相同的速率遷移的。這是因?yàn)樗鼈冊(cè)趩蜗蚝愣妶?chǎng)的作用下，僅以"一端向前"的方式游動(dòng)穿過(guò)整個(gè)膠板。而在脈沖電場(chǎng)中，DNA分子的遷移方向是隨著所用的電場(chǎng)方向的周期性變化而不斷改變的。

　　在標(biāo)準(zhǔn)的PFGE中，頭一個(gè)脈沖的電場(chǎng)方向與核酸移動(dòng)方向成45°夾角，而下一個(gè)脈沖的電場(chǎng)方向與核酸移動(dòng)方向在另一側(cè)亦成45°夾角。由于加壓在瓊脂糖凝膠上的電場(chǎng)方向、電流大小及作用時(shí)間都在交替地變換著，這就使得DNA分子能夠隨時(shí)地調(diào)整其游動(dòng)方向，以適應(yīng)凝膠孔隙的無(wú)規(guī)則變化。與分子量較小的DNA分子相比，分子量較大的DNA分子需要更多的次數(shù)來(lái)更換其構(gòu)型和方位，以使其可以按新的方向游動(dòng)。因此，在瓊脂糖介質(zhì)中的遷移速率也就顯得更慢一些，從而達(dá)到分離超大分子量DNA分子的目的。應(yīng)用脈沖電場(chǎng)凝膠電泳技術(shù)，可成功地分離到分子量高達(dá)10bp的DNA大分子。